由于便攜式水質自動采樣器有其儀器本身的自有特性，因此在使用時應注意其外部的使用環境。

　　1、在使用時應注意防止淋雨

　　雖然儀器殼體已做密封處理，可應對偶發的表面的輕微淋水，但因儀器內部裝配有線路板、控制器、連接線等，進水會可能導致儀器的短路，以致導致儀器的損壞。用戶在使用時避免將其直接暴露于室外，可搭建簡單的防水雨棚；

　　2、使用時不易放置于斜坡面

　　用戶在使用采樣器時有一很普遍的要求即是采樣量精準，但置于斜坡面會使水樣在進入樣品瓶時因產生傾斜可能會流入其他未樣品瓶或者直接流入貯存箱內，從而導致出現樣品瓶采樣量不準確等現象的發生，因此在使用采樣器時必須將其置于水平面。

　　3、使用時應注意防止暴曬以及置于密閉不通風的狹小空間內

　　因采樣器采集水樣后會對已采集的水樣做恒溫冷藏處理（水樣貯存箱），制冷壓縮機在冷藏過程中起到關鍵性作用，將采樣器置于不通風的狹小空間或者暴曬會使壓縮機工作時不能進行有效的通風、散熱，會導致其超負荷運轉，進而可能會導致壓縮機損毀恒溫冷藏功能失效。另一方面儀器的控制系統在運行時也會散放熱量，為保證其運行良好，這部分熱量也需通過空氣流通帶走。使用時用戶需將采樣器置于空氣流通效果好，陽光不易直接照射的場所。

　　4、使用時不可置于震動臺面上或周圍有強烈震動環境內

　　長時間震動可能會使采樣器零部件松脫，同時壓縮機可能會由于震動而損壞，震動也可能會引起采樣量不準確甚至采樣失敗等情況發生。

　　5、儀器采用鎘鎳電池為機內工作電源，如果儀器長期不使用，電池會自行放電造成“過放電”，甚至直接導致電池損壞或報廢。所有在平時不開機的情況下，每月亦進行保護性充電一次。